Тест используется в ПРИСКЕ 2 совместно со свободным эстриолом и общим бета-ХГЧ для расчета рисков патологии плода на сроке 16-18 недель.  АФП может быть существенно повышен при открытых дефектах нервной  трубки. Также используется как онкомаркер при вероятности наличия гепатоцеллюлярного рака.